Le CCVA est dirigé par une Direction Générale installée à Ouagadougou, siège social de la société.

La Direction Générale regroupe les Directions suivantes :

1. La Direction du Contrôle Technique Automobile ;
2. La Direction de l’Identification, de l’Expertise et de l’Évaluation des véhicules ;
3. La Direction des Études, du Contrôle et de l’Audit ;
4. La Direction de l’Administration des Finances et de la Comptabilité ;
5. La Direction Régionale de l’Ouest.

Chacune de ces directions comprend au moins deux services.

Les directions techniques ont été organisées autour d’activités homogènes pour plus d’efficacité et répondre aux besoins des usagers de façon plus optimale et professionnelle.

La Direction du Contrôle technique Automobiles (DCTA) qui a en charge les prestions telles que le contrôle technique autos et motos, la Réception à Titre Isolé (RTI), la Réception à Titre Définitif (RTD), les conseils et avis en matière d’automobiles,

La Direction de l’Identification, de l’Évaluation et de l’Expertise qui a pour charge la gestion des prestations concurrentielles telles que le Diagnostic automobiles, l’Expertise et l’Évaluation.

Chaque année, le personnel du CCVA voit ses capacités renforcées à travers des sessions de formations aussi bien au Burkina Faso, dans la sous-région, en Afrique et en Europe.